매매계약 후 양도일 전에 주택을 멸실하고 그에 부수되는 토지만을 양도한 경우 양도소득에 대한 과세특례 적용 여부

A법인이 양도일 이전에 매매특약에 의해 B법인으로 하여금 쟁점주택을 멸실하게 하고 쟁점토지만을 양도한 경우 법인법§55의2①(2)를 적용하는 것임

○’20.10.14. A법인은 쟁점토지를 B법인에 매도하는 계약 체결

• B법인은 해당 계약에 따라 양도일 전에 매매계약일 당시 쟁점소재지에 있는 A법인 소유의 단독주택(이하 “쟁점주택”)을 멸실함

* 쟁점주택은 ｢법인세법 시행령｣ 제92조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택임

○’21.2.2. 쟁점주택 멸실 등기

○’21.2.28. 쟁점토지 양도(잔금청산일)

<부동산(토지) 매매 계약서>

소재지: 서울시 ○○구 ○○동 ○-○

지목: 대 면적: 324.2㎡

<쟁점계약서 상 특약사항> 일부 발췌

1. 현 시설 상태에서 매매계약이며, 등기사항 증명서를 확인하고 계약을 체결함

2. 매매목적 부동산(건축물, 토지) 중 잔금전 건축물 멸실조건 계약이며, 주택멸실 전 주택 내 임차인 명도시까지의 각종 공과금은 매도인 부담으로 한다.

6. 매수인이 잔금이행을 못할시 매도인은 계약금 및 건축인허가 등 계약 진행 중 매수자가 지출한 모든 비용(명도, 철거 및 멸실비용, 멸실 중 분쟁발생시엔 그에 따른 손해배상, 건축인, 허가 관련등)을 위약금으로 보고 이 계약을 해제한다.

2. 질의요지

○매매계약일 현재에 주택과 그에 부수되는 토지(쟁점토지)를 보유 중인 내국법인이 양도일 이전에 매매특약에 의해 매수법인으로 하여금 해당 주택을 멸실하게 하고 쟁점토지만을 양도하기로 계약한 경우

• ｢법인세법｣ 제55조의2제1항제2호를 적용할 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 - 각 목 생략 -

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

• 각 목 생략 -

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. (단서 생략)

• 각 목 생략 -

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

• 나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. ｢지방세법｣ 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. (단서 생략)

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (단서 생략)

○ 법인세법 시행령 제92조의2 【토지등양도소득에 대한 과세특례】

② 법 제55조의2제1항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만, 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.(단서 생략)

9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

○ 민법 제279조 【지상권의 내용】

지상권자는 타인의 토지에 건물 기타 공작물이나 수목을 소유하기 위하여 그 토지를 사용하는 권리가 있다.

○ 주택법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.